به گزارش نماینده به نقل از روابط عمومی وزارت علوم، جعفر میلی منفرد معاون آموزشی و سعید سمنانیان مشاور وزیر و رئیس مرکز هیات‌های امنا و هیات‌های ممیزه مرکزی طی نامه‌های جداگانه‌ای استعفای خود را به نجفی سرپرست وزارت علوم، تحقیقات و فناوری تقدیم کردند.
متن نامه استعفای میلی منفرد به شرح زیر است:
«جناب آقای دکتر نجفی
سرپرست محترم وزارت علوم، تحقیقات و فناوری
با اهدای سلام و احترام
جناب عالی مستحضر هستید که اینجانب در تمام سالیان پس از انقلاب اسلامی تمام همت خود را مصروف دفاع از نظام و انقلاب و ارتقای عرصه آموزش عالی نموده‌ام.
کارنامه علمی، اجرایی و مدیریتی سی و پنج ساله اینجانب نیز مؤید این مطلب است; اما چندی است به دلیل برخی از نامهربانی‌ها به رغم آنکه هیچ گونه مانع قانونی برای مسئولیتم وجود نداشت در دوره وزارت دکتر فرجی دانا و سرپرستی حضرت عالی اصرار بر استعفا داشتم که با مخالفت شما بزرگواران روبرو شد.
اما اکنون که در شرف انتخاب وزیر علوم جدید توسط مجلس شورای اسلامی هستیم به منظور جلوگیری از هرگونه تضییقات و هموار کردن مسیر، استعفای خود را از معاونت آموزشی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری اعلام می‌دارم.
رجاء واثق دارم پذیرش ناملایمات در دفاع از حقوق ملت شریف ایران و جمهوری اسلامی موجب سعادت دنیا و آخرت خواهد بود و همچون گذشته هیچ گونه خللی در تلاش و خدمت اینجانب به ملت و کشور ایجاد نخواهد کرد.
در انتها فرصت را مغتنم شمرده از همیاری و همراهی دولت تدبیر و امید، خصوصا تلاش های هوشمندانه جناب آقای دکتر روحانی و دولت محترم در دفاع از کیان آموزش عالی و ارتقای توسعه علمی قدردانی می‌کنم.»