به گزارش «نماینده» استاد آیت‌الله شهید مطهری روحانی عالی‌قدر و محقق سرشناس که در رأس شورای انقلاب نیز قرار داشت، نیمه شب سه‌شنبه یازدهم اردیبهشت ۱۳۵۸ هدف گلوله قرار گرفته و به شهادت رسید.
گروه فرقان مسئولیت این ترور را بر عهده گرفت.
بر اساس گزارش‌های رسیده، ساعت ۲۲و۴۰ دقیقه امشب هنگامی که آیت‌الله مطهری از منزل دکتر سحابی در خیابان فخرآباد خارج می‌شود، از فاصلة ۲ تا ۳ متری از ناحیة سر مورد هدف قرار گرفته و به شهادت مي‌رسد.
پیام تسلیت امام خمینی(ره)
به دنبال شهادت آیت‌الله مطهری، رهبر انقلاب در پیامی این فاجعة بزرگ را تسلیت گفتند. در بخشی از پیام امام خمینی(ره) آمده است: «اينجانب به اسلام و اولياي عظيمالشأن آن و به ملت اسلام و خصوص ملت مبارز ايران ضايعة تأسفانگيز شهيد بزرگوار و متفكر و فيلسوف و فقيه عالي مقام مرحوم آقاي حاج شيخ مرتضي مطهري ـ قدس سره ـ را تسليت و تبريك عرض ميكنم. من فرزند بسيار عزيزي را از دست دادم و در سوگ او نشستم كه از شخصيت‌هايي بود كه حاصل عمرم محسوب ميشد.»
امام خمینی(ره) در این پیام تأکید کردند: «من گرچه فرزند عزيزي را كه پارة تنم بود از دست دادم لكن مفتخرم كه چنين فرزندان فداكاري در اسلام وجود داشت و دارد. مطهري كه در طهارت روح و قوّت ايمان و قدرت بيان كمنظير بود، رفت و به ملأ اعلي پيوست، لكن بدخواهان بدانند كه با رفتن او شخصيت اسلامي و علمي و فلسفياش نميرود.»
مروز تمام تفنگ‌ها و تمام قلم‌ها به سوی آمریکا باید باشد
در ۱۱ اردیبهشت ۱۳۵۹ به مناسبت روز جهانی کارگر مراسمی از سوی کارگران سراسر کشور برگزار شد. «موسوی خوئینی‌ها» در این مراسم با اشاره به توطئه‌های آمریکا خطاب به کارگران اظهار داشت: «آمریکا دشمن شماره یک ما است و امروز تمام تفنگ‌ها و تمام قلم‌ها به سوی آمریکا باید باشد.»
موسوی خوئینی‌ها در این مراسم با اشاره به توطئه‌های آمریکا خطاب به کارگران اظهار داشت: «بر شما واجب است که خط انقلاب و خط ضدانقلاب را دقیقاً بشناسید و شناخت نیروهای انقلاب با شعار آنان نیست و همینطور شناخت عوامل مزدور ضدانقلاب با شعار آنان نیست.»
وی افزود: «امروز در ایران ممکن نیست کسی بتواند شعار ضدانقلابی سر دهد، لذا شناخت ضدانقلاب آمریکایی ممکن نیست مگر با شناخت [امام]خمینی. یعنی خط انقلاب که همان خط امام خمینی است.»
ما با آمریکا رابطه نداشته، نخواهیم داشت
در تاریخ ۱۲ اردیبهشت ۱۳۶۱، رئیس وقت کمیسیون امور خارجة مجلس شورای اسلامی که بعدها ریاست دولت اصلاحات را به عهده گرفت، در مصاحبه‌ای با خبرگزاری جمهوری اسلامی، دربارة فروش نفت به آمریکا ضمن اشاره به تکذیب این شایعه از سوی دولت گفت: «ما از آغاز پیروزی تاکنون شاهد انواع توطئه‌های تبلیغاتی امپریالیست‌ها علیه جمهوری اسلامی بوده‌ایم و این دروغ اخیر نیز آخرین توطئة آنها نیست، اکنون که از یک طرف آمریکا و مزدورانش در صحنة نظامی شکست خورده و در آستانة شکست هستند و از طرف دیگر مزدوران داخلی آنان رسوا شده‌اند و افشاگری آقای موسوی خوئینی‌ها دربارة مدارکی که در رابطه با آقای [آیت‌الله] شریعتمداری در لانة جاسوسی وجود داشت عمق توطئة آنها را نشان داد، طبیعی است که امپریالیسم با این هیاهو باید کینة خود را خالی کند و مثلاً چهرة جهانی انقلاب اسلامی را که چهره‌ای ضدآمریکایی است، خدشه‌دار نماید.»
وی افزود: «من به عنوان عضو کمیسیون خارجی مجلس اعلام می‌کنم که ما با آمریکا رابطه‌ای نداشته و نخواهیم داشت و انقلاب اسلامی ایران هم اکنون بزرگترین دشمن این ابرقدرت جهان‌خوار است و به خواست خداوند، همة توطئه‌های او به همت ایمان مردم و تحت رهبری بی‌مانند امام، نقش بر آب خواهد شد.»