به گزارش «نماینده»، مقام معظم رهبری در دوران مبارزه علیه رژیم منحوس پهلوی بعد از قیام ۱۵ خرداد ۱۳۴۲ در مشهد بازداشت می‌شوند. کتاب «مشهد از مقاومت تا پیروزی» خاطراتی از مقام معظم رهبری درباره زمانی که ایشان در زندان لشکر ۱۲ مشهد زندانی می‌شوند را منتشر کرده است.
بخش‌هایی از این خاطره خواندنی که توسط مرکز اسناد انقلاب اسلامی چاپ شده است در ادامه آمده است:
آیت‌الله خامنه‌ای در زندان لشکر ۱۲ مشهد
آیت‌الله خامنه‌ای پس از بازداشت در بیرجند، شب بیست‌ویکم خرداد به مشهد منتقل شدند. از لحظه‌ای که پایم را گذاشتم توی کلانتری ایذاء زبانی شروع شد. پاسبان‌ها... شروع کردند به بدگویی... اهانت... تحقیر... شاید یک علت [آن کشته‌شدن پاسبان شباهنگ بود.]... طبعاً روحانیون اولین کسانی بودند که مورد انتقام و ناراحتی و نقمت آنها قرار می‌گرفتند... آن شب [به] من خیلی... سخت گذشت. [۱]
محل بعدی زندان ایشان، زندان لشکر بود. حدود چهار بعدازظهر به آنجا رسیدند.
راهنمایی کردند مرا به راهرویی... خیلی بلند که دم آن را... دو سرباز با تفنگ‌های سرنیزه‌دار گرفته بودند... آن افسر دستور داد تفنگ‌ها را عقب برند [صحنه‌هایی که بعدها و در زندان‌های بعدی عادی بود اینجا عجیب و وحشت انگیز به نظر می‌رسید]... بردند توی اتاقی انداختند... و در را بستند و رفتند. من ماندم تنها. [۲]
پس از گذشت سه روز از بازداشت من، یکی از افسران به زندان آمده، گفت: فردا آزاد می‌شوید. از این خبر بسیار تعجب کردم و با خود گفتم: شاید یکی از دوستانم نزد کسی از وابستگان رژیم برای آزادی من وساطت کرده است. و درحالی‌که غرق تفکر در این موضوع بودم به قرآن کریم تفأل زدم، آیه کریمه: فَلَا یسْتَطِیعُونَ تَوْصِیةً وَلَا إِلَى أَهْلِهِمْ یرْجِعُونَ (یس/۵۰) [پس نه قدرت وصیت و سفارش پیدا می‌کنند و نه می‌توانند به سوی کسان خود بازگردند.] توجهم را به خود جلب کرد. [۳]
در ۲۵ خرداد به لشکر ۱۲ خراسان اعلام کرد:
غیرنظامی سیدعلی فرزند سید‌جواد، شهرت خامنه‌ای... بدون قید و شرط آزاد شود.
اما آقای خامنه‌ای را چند روز بیشتر در پادگان نگه داشتند تا اینکه خبر آزادی همه‌ی زندانیان از راه رسید.
تعجب... کردیم. همه‌مان را آزاد کردند... در آن زندان هیچ‌کس را [نگه نداشتند]... همه آنهایی که بودیم با هم آزادمان کردند... فقط یک شیخی باقی ماند به نام جعفریان... ارتباط با بیت یکی از آقایان داشت؛ آقای قمی... [حتماً] می‌خواستند از او حرفی... بکشند... تا سه ماه بعد زندان بود یا بیشتر. [۴]
پس از آزادی از زندان لشکر، آیت‌الله میلانی به دیدن آقای خامنه‌ای آمدند. چند روز بعد، آقای خامنه‌ای بازدید ایشان را پس دادند. در این دیدارها آیت‌الله میلانی از آنچه که در ۱۵ خرداد و پس از آن پدیده آمده بود، ابراز نارضایتی کردند. ایشان با این تحلیل که مهم‌ترین طبقه‌ی اجتماعی جوانان هستند و در میان آنها بهترین‌شان جوانان متدین و از این بین ارجمندترین آنها کسانی که شهامت اقدام دارند و شجاعت به خرج می‌دهند، کشته شده، از بین رفته‌اند، چنین نتیجه می‌گرفتند که ما ضرر کرده‌ایم.
البته این منطق را همان وقت، بنده که خُب طلبه‌ای بودم، هیچ قبول نمی‌کردم. شاید با ایشان مقداری بحث هم می‌کردیم، ولیکن خب، ایشان استاد بود، بزرگ بود [و من نمی‌خواستم در] بحث با ایشان گستاخی [نشان دهم].[۵]
[۱]. مرکز اسناد انقلاب اسلامی، خاطرات آیت‌الله‌العظمی سیدعلی خامنه‌ای، شمـ بازیابی ۱۲۳۳
[۲]. همان
[۳]. مرکز اسناد انقلاب اسلامی، خاطرات آیت‌الله‌العظمی سیدعلی خامنه‌ای، یادمان زندان‌ها و بازداشتگاه‌ها
[۴]. مرکز اسناد انقلاب اسلامی، خاطرات آیت‌الله‌العظمی سیدعلی خامنه‌ای، شمـ بازیابی ۱۲۳۳
[۵]۱. همان