به گزارش «نماینده» حضرت امام (ره) در بخشی از بیانات خود در اردیبهشت ماه سال ۱۳۵۹ نگاه خود را به علم اسلامی و دانشگاه اسلامی اینگونه بیان فرمودند:

«بعضى گمان کردند که کسانى که اصلاح دانشگاه‌ها را مى خواهند و مى خواهند دانشگاه‌ها اسلامى باشد این است که گمان کردند که- این اشخاص توهّم کردند که- علوم دو قسم است: هر علمى دو قسم است. علم هندسه یکى اسلامى است، یکى غیراسلامى. علم فیزیک یکى اسلامى است، یکى غیراسلامى. از این جهت اعتراض کردند به اینکه علم، اسلامى و غیراسلامى ندارد. و بعضى توهّم کردند که این‌ها که قائلند به اینکه باید دانشگاه‌ها اسلامى بشود؛ یعنى فقط علم فقه و تفسیر و اصول در آنجا باشد. یعنى‌‌ همان شأنى را که مدارس قدیمه دارند باید در دانشگاه‌ها هم‌‌ همان تدریس بشود. این‌ها اشتباهاتى است که بعضى مى کنند، یا خودشان را به اشتباه مى اندازند.

آنچه که ما مى خواهیم بگوییم این است که دانشگاه هاى ما، دانشگاه هاى وابسته است. دانشگاه هاى ما دانشگاه هاى استعمارى است. دانشگاه هاى ما اشخاصى را که تربیت مى کنند، تعلیم مى کنند، اشخاصى هستند که غربزده هستند. معلمینْ بسیارى شان غربزده هستند و جوان هاى ما را غربزده بار مى آورند. ما مى گوییم که دانشگاه هاى ما یک دانشگاه هایى که براى ملت ما مفید باشد، نیست … ما که مى گوییم دانشگاه باید از بنیان تغییر بکند و تغییرات بنیادى داشته باشد و اسلامى باشد، نه این است که فقط علوم اسلامى را در آنجا تدریس کنند. نه اینکه علوم دو قسمند. هر علمى دو قسم است: یکى اسلامى و یکى غیراسلامى ... 

ما که مى گوییم باید بنیاداً این‌ها تغییر بکند، مى خواهیم بگوییم که دانشگاه هاى ما باید در احتیاجاتى که ملت دارند، در خدمت ملت باشند، نه در خدمت اجانب. ما معلمینى که در مدارس ما، اساتیدى که در دانشگاه هاى ما هستند بسیارى از آن‌ها در خدمت غربند. جوان هاى ما را شستشوى مغزى مى دهند. جوان هاى ما را تربیت فاسد مى کنند. ما نمى خواهیم بگوییم ما علوم جدیده را نمى خواهیم. ما نمى خواهیم بگوییم که علوم دو قسم است که بعضى مناقشه مى کنند. عمداً یا از روى جهالت. ما مى خواهیم بگوییم دانشگاه هاى ما اخلاق اسلامى ندارد. لکن باید دانشگاه اسلامى بشود تا علومى که در دانشگاه تحصیل مى شود در راه ملت و در راه تقویت ملت و با احتیاج ملت همراه باشد».