به گزارش «نماینده» امام خمینی (ره) در پی درگذشت آیت الله طالقانی پیامی بدین شرح صادر فرمودند:

بسم اللَّه الرحمن الرحیم‏

إنا للَّه و إنا إلیه راجعون‏

۱۹ شهریور ۵۸- ۱۸ شوال ۹۹

فَمِنْهُمْ مَنْ قَضَى‏ نَحْبَهُ وَ مِنْهُم مَنْ یَنتَظِرُ. عمر طولانى این عیب را دارد که هر روز عزیزى را از دست مى‏دهد و به سوگ شخصیتى مى‏نشیند و در غم برادرى فرو مى‏رود. مجاهد عظیم الشأن و برادر بسیار عزیز حضرت حجت الاسلام و المسلمین آقاى طالقانى از بین ما رفت و به ابدیت پیوست و به ملأ اعلى با اجداد گرامش محشور شد. براى آن بزرگوار، سعادت و راحت و براى ما و امت ما، تأسف و تأثر و اندوه.

آقاى طالقانى یک عمر در جهاد و روشنگرى و ارشاد گذراند. او یک شخصیتى بود که از حبسى به حبس و از رنجى به رنج دیگر در رفت و آمد بود؛ و هیچ گاه در جهاد بزرگ خود سستى و سردى نداشت. من انتظار نداشتم که بمانم و دوستان عزیز و پر ارج خودم را یکى پس از دیگرى از دست بدهم.

او براى اسلام به منزله حضرت ابوذر بود؛ زبان گویاى او چون شمشیر مالک اشتر بود؛ بُرنده بود و کوبنده. مرگ او زودرس بود و عمر او با برکت. رحمت خداوند بر پدر بزرگوار او، که در رأس پرهیزکاران بود، و بر روان خودش که بازوى تواناى اسلام.

من به امت اسلام و ملت ایران و عائله ارجمند و بازماندگان او، این ضایعه بزرگ را تسلیت مى‏دهم.

رحمت بر او و بر همه مجاهدان راه حقّ. و السلام على عباد اللَّه الصالحین.