به گزارش «نماینده» به نقل از مهر، جعفر توفیقی درباره دلیل عدم معرفی وی به مجلس، این موضوع را از اختیارات رئیس جمهور اعلام کرد و گفت: توضیح خاصی واقعاً نمی توان داد، به هر حال معرفی وزرای پیشنهادی از اختیارات رئیس جمهور است و در نهایت مصلحت در این بوده و این گونه تصمیم گرفته شد.
وی در پاسخ به این سوال که آیا پیشنهاد دیگری از رئیس جمهور به منظور فعالیت در بخش دیگری از دولت و آموزش عالی دریافت کرده یا خیر، اظهار داشت: خیر. در حال حاضر چنین چیزی وجود ندارد.
توفیقی اضافه کرد: بنده همیشه برای پیشبرد اهداف آموزش عالی و پژوهشی کشور تلاش کرده ام اما اینکه این همکاری به چه صورتی باشد هنور موردی اعلام نشده است.
سرپرست وزارت علوم درباره این موضوع که گفته می شود فرجی دانا از پیش برای معرفی به وزارت علوم تعیین شده بود و تغییراتی که توسط توفیقی در وزارت علوم صورت گرفته به معنای هموار کردن کار فرجی دانا در وزارت علوم است، تصریح کرد: نخیر، این چنین نیست. هر تصمیمی که من در این دو ماه گرفتم مربوط به سیاست ها، تشخیص و تجربه خودم در آموزش عالی بوده است.