محمدعلی پورمختار در گفت‌وگو با خبرنگار «نماینده» با اشاره به تفاوت‌های موجود میان منطقۀ آزاد و منطقۀ ویژه اظهار داشت: «مناطق ویژۀ اقتصادی در پی تشکیل بعضی از مناطق آزاد که خیلی هم محدود بودند ایجاد شد، منتها مناطق ویژۀ اقتصادی از حیث مجموعۀ امتیازاتی که دارد پایین‌تر از مناطق آزاد است؛ دلیل آن‌هم این است که این مناطق داخل کشور هستند، درست برعکس مناطق آزاد که در مرزها مستقرند. به همین دلیل مناطق آزاد می‌توانند از امکان و ظرفیت مرزها چه در مبادلات مرزی چه در مبادلات فرامرزی بین همسایگان به‌خصوص آب‌های بین‌المللی یا از طریق هوا به‌خوبی استفاده کنند.»
عضو کمیسیون قضایی و حقوقی مجلس تصریح کرد: «مناطق ویژۀ اقتصادی بیشتر به کارکردهای خاصی که برای آن تعریف می‌شود معطوف است؛ ولی دربارۀ مناطق آزاد می‌توان گفت که همۀ فعالیت‌ها در آن آزاد است. به‌عنوان‌مثال منطقۀ ویژه اقتصادی در زمینۀ واردات دارو وجود دارد که فعالیتش به‌طور تخصصی در این زمینه است.»
نمایندۀ مردم بهار و کبودرآهنگ در مجلس شورای اسلامی افزود: «عملکرد مناطق ویژه به‌لحاظ محدودیتی که دارند ازنظر گرفتن حقوق بازرگانی و سود بازرگانی که مطرح است بهتر از مناطق آزاد است؛ ولی در مناطق آزاد این‌گونه سودها گرفته نمی‌شود. در مناطق ویژۀ اقتصادی بر پایۀ مادۀ وارد شده مازاد بر ارزش‌افزوده گرفته می‌شود؛ یعنی کالایی پس از تبدیل‌شدن به کالایی دیگر دارای ارزش‌افزوده می‌شود و مابه‌التفاوت‌ها در مناطق ویژه دریافت می‌شود که در مناطق آزاد دریافت نمی‌شود.»
وی در ادامه عنوان کرد: «در مناطق ویژۀ اقتصادی معافیت‌های مالیاتی دائمی وجود دارد؛ اما در مناطق آزاد معافیت مالیاتی ۱۰ ساله است؛ یعنی در طول ۱۰ سال واحدی که فعالیت می‌کند از پرداخت مالیات معافیت دارد. گمرک در مناطق ویژه مستقر است و در داخل کشور قابلیت تشکیل دارد.»
پورمختار با بیان اینکه چه منطقۀ آزاد و چه منطقۀ ویژه باید به‌نحوی عمل کنند که به بحث اشتغال کمک کنند، یادآور شد: «باید در نظر داشت تا حد ممکن این اتفاق افتاده و تا حدودی ایجاد شغل نیز شده است و این فقط به این دلیل است که توانسته‌ایم تنها ۳۰ درصد از ظرفیت مناطق آزاد استفاده کنیم. متأسفانه منطقۀ آزاد در کشور ما به منطقۀ تجاری تبدیل شده که به لحاظ تولیدی و مشوق‌هایی که قانون‌گذار برای تولیدکنندگان در نظر گرفته تا بدون هیچ عوارض و مالیاتی کالای خود را صادر کنند از این ظرفیت خیلی کم استفاده شده است.»
این نمایندۀ مجلس در پاسخ به این سؤال که بسیاری معتقدند مناطق آزاد به حیاط خلوت دولت یعنی به بنگاهی سودآور برای دولت تبدیل شده است چقدر با این موضوع موافق هستید؟ گفت: «این مناطق برعکس مناطق ویژۀ اقتصادی که خصوصی است یا توسط نهادهای غیردولتی اداره می‌شود، توسط دولت اداره می‌شود و با توجه به نقش اولی که دولت در این مناطق ایفا می‌کند بی‌شک در این امر ذی‌نفع خواهد بود و لذا در بعضی از مناطق آزاد مانند «کیش» دولت از طریق فروش زمین‌ها یا واگذاری مجوزها به نفع و سود می‌رسد. به همین دلیل اینکه گفته می‌شود مناطق آزاد حیات خلوت دولت‌هاست واقعیت دارد.»
وی در پاسخ به این سؤال که آیا با این نظر که منطقۀ آزاد به بی‌انضباط‌ترین حوزۀ اقتصادی در کشور تبدیل شده است موافقید؟ اظهار داشت: «نمی‌توان آن را بی‌انضباط‌ترین دانست ولی طبیعتاً نسبت به دیگر حوزه‌های اقتصادی در این زمینه ضعیف عمل شده است.»
پورمختار تصریح کرد: «قانون قواعدی را برای منطقۀ آزاد مجاز دانسته و به‌عنوان امتیاز آن را شناخته است. اگر زیر نظر مسئولین این مناطق یا وزارت اقتصاد این قواعد انجام شود بیشترین اثر و کارایی را در حوزۀ مسائل اقتصادی دارد و به ایجاد اشتغال و رونق در تولید کمک خواهد کرد.»
وی افزود: «به دلیل عدم توجه و در اولویت قرار دادن موضوع گردشگری در مناطق آزاد کمتر به این مسائل توجه شده است. مناطق آزاد در کشور ما از هدف اصلی خود دور شده‌اند و به اعتقاد من دولت، وزارت اقتصاد و سازمان مناطق آزاد باید نسبت به بازگرداندن فعالیت‌های اقتصادی این مناطق به ریل فعالیت‌های اقتصادی قدم‌های مؤثرتری بردارند.»