به گزارش «نماینده» پس از استعفای علی اصغر فانی از سکانداری وزارت آموزش و پرورش در رسانه‌ها اسامی مختلفی برای جایگزینی وی مطرح شد. سرانجام اکبر رنجبر زاده عضو هیئت رئیسه مجلس شورای اسلامی از معرفی محمد علی نجفی به عنوان وزیر آموزش و پرورش به مجلس خبر داد.
با توجه به سوابق محمد علی نجفی که منجر به رای عدم اعتماد مجلس نهم به وی شده است اما رئیس جمهور هم‌چنان اصرار دارد به وی پست کلیدی همچون سکانداری وزارت خانه‌ای آموزش و پرورش را بسپارد.
وی در حالی قرار است به عنوان کاندیدای تصدی وزارت آموزش و پرورش به مجلس معرفی شود که هم اکنون مشاور اقتصادی رئیس جمهور، عضو شورای عالی میراث فرهنگی و عضو شورای سازمان پژوهش و برنامه ریزی آموزشی است.
نجفی البته در دولت یازدهم به مرد استعفا شناخته می شود در هر ۱۲۴ روز یک استعفا را در کارنامه خود دارد و در ابتدای دولت یازدهم آن‌گونه که اشاره شد به عنوان وزیر پیشنهادی آموزش و پرورش به مجلس نهم معرفی و با ۱۴۲ رای موافق، ۱۳۳ رای مخالف و ۹ رای ممتنع از مجموع ۲۸۴ تنها با اختلاف یک رای از راهیابی به جمع وزرای کابینه روحانی بازماند.
از مهم ترین دلایلی که وکلای ملت در جلسه ۲۲ مرداد سال ۹۲ به نجفی رای اعتماد ندادند برخی اظهارات ضد و نقیض وی درباره فتنه سال ۸۸ بود که در مهمترین موارد می توان به امضا نامه‌ای در حمایت از سران فتنه بود که علی‌رضا زاکانی نماینده مردم تهران در مجلس نهم آن را مطرح کرد بود، نجفی از امضای آن نامه اظهار بی‌اطلاعی کرد اما با مدارکی که ارائه شد مشخص شد وب‌سایت رئیس دولت اصلاحات نیز این نامه را با امضا نجفی منتشر و آن را تائید کرده است.
یکی از مواردی که در جلسه روز رای اعتماد به نجفی در مجلس مطرح شد حضور وی در تجمع دانشجویان دانشگاه شریف در تاریخ ۱۶ آذر سال ۸۸ بود که وی اعلام کرده بود پس از نماز جمعه ۲۹ خرداد همان سال وی در هیچ راهپیمایی شرکت نکرده است اما عکسی از وی در فضای مجازی منتشر شده که وی را در میان تجمع کنندگان آن در مقابل دانشگاه شریف نشان می‌دهد.
در جلسه روز ۲۲ مرداد سال ۹۲ نجفی در دفاع ازخود در ممانعت از نامگذاری میدانی در تهران به نام ۹ دی نیز اعلام کرده به دلیل اینکه این میدان به نام آیت‌الله حق‌شناس بوده وی مخالف این نامگذاری بوده اگرچه چمران رئیس شورای شهر تهران این گفته نجفی را تکذیب کرده و اعلام کرده بود میدانی در تهران به عنوان آیت‌الله حق‌شناس در تهران وجود ندارد.
علی رضا زاکانی که در جلسه ۲۲ مرداد سال ۹۲ در مخالفت با محمد علی نجفی، وزیر پیشنهادی وزارت آموزش و پرورش سخن گفت، ضمن اشاره به حوادث پس از انتخابات ریاست جمهوری ایران (۱۳۸۸) گفت: «من در شورای عالی هلال‌احمر بودم. زمانی که گروه‌ها برای سرکشی به منازل آسیب دیدگان فتنه می‌رفتند، خانواده‌ها می‌گفتند قبل از شما آقای نجفی با خانم م. الف آمده و گفته‌اند که ما نماینده موسوی و کروبی هستیم، چرا شما مدعی شهدایی که داده‌اید نمی‌شوید؟»
محمد علی نجفی نیز در دفاع از خود سرکشی به خانواده‌های آسیب دیده را مطابق مصوبه شورای شهر تهران دانست.اما این دفاعیه نجفی نیز با تکذیبیه چمران رئیس شورای شهر تهران بی‌اثر شده بود.
پس از آنکه محمد علی نجفی نتوانست رأی اعتماد نمایندگان مجلس برای تکیه زدن به کرسی ریاست وزارت آموزش و پرورش را کسب کند حجت‌الاسلام حسن روحانی در تاریخ ۲۴ مرداد سال ۹۴ و تنها دو روز پس از عدم توفیق نجفی در کسب رای اعتماد نمایندگان وی را به عنوان رئیس سازمان گردشگری و میراث فرهنگی منصوب کرد.
اما نجفی در پست ریاست سازمان میراث فرهنگی و گردشگری نیز به دور از حواشی نبود اظهار نطر درباره اینکه اشکالی ندارد خانم‌ها نیز از قلیان استفاده کنند و اینکه باز پس دادن مجسمه شیردال از سوی امریکایی‌ها هرچند این مجسمه اصلی نباشد، نشان از حسن نیت آنها است از جمله حواشی وزیر پیشنهادی دولت برای جایگزینی علی اصغر فانی در وزارت آموزش و پرورش در زمان ریاست وی بر سازمان میراث فرهنگی و گردشگری است.
پس از استعفای نجفی از ریاست سازمان میراث فرهنگی و گردشگری در تاریخ ۱۰ بهمن ۹۲ وی از سوی رئیس جمهور به عنوان رئیس ستاد هماهنگی اقتصادی دولت انتخاب شد و پس از استیضاح فرجی دانا در ۲۹ مرداد ۹۳ وی به عنوان سرپرست وزارت علوم تحقیقات و فناوری منصوب شد.
نجفی هم اکنون مشاور اقتصادی رئیس جمهور، عضو شورای عالی میراث فرهنگی و عضو شورای سازمان پژوهش و برنامه ریزی آموزشی است.