به گزارش «نماینده»؛ روزنامه گاردین مدعی شده است که از سازمان‌های حقوق بشر بحرینی نامه‌هایی به دستش رسیده است که در آن‌ها ادعا شده شیخ سلمان نقشی پر رنگ در سرکوب مردم بحرین در سال ۲۰۱۱ داشته است.  

شیخ سلمان اخیرا با کنارگذاشته شدن بلاتر و پلاتینی از انجام هرگونه فعالیت در یوفا و فیفا، نام خود را به عنوان نامزدی جدی برای کسب عنوان ریاست فیفا مطرح کرده است. پس از این که شیخ سلمان اعلام کاندیداتوری کرد، رییس فدراسیون فوتبال ایران؛ علی کفاشیان نیز حمایت خود را از او اعلام کرد.  
گاردین در گزارش خود آورده است نامه‌هایی دریافت کرده که نشان می‌دهد شیخ سلمان در شناسایی بیش از ۱۵۰ ورزشکار بحرینی که در سال ۲۰۱۱ برای دموکراسی و حقوق انسانی خود تظاهرات می کردند، نقش داشته است. هرچند خود شیخ سلمان همیشه این اتهام را رد کرده، اما سازمان‌های حقوق بشری همواره بر این ادعای خود پافشاری کرده‌اند. به عقیده‌ آن‌ها شیخ سلمان یکی از قوانین اصلی فیفا را نقض کرده و یکپارچگی و اتحاد جامعه فوتبال را در بحرین لکه‌دار نموده است.  
همچنین گاردین می‌گوید شیخ سلمان آل خلیفه، در سرکوب وحشیانه مردم یمن هم نقش دارد و خانواده او از حامیان اصلی حکام یمن و رژیم عربستان سعودی هستند.  
آسوشیتد پرس هم در گزارشی آورده است در سال ۲۰۱۳، زمانی که سلمان می‌خواست ریاست کنفدراسیون فوتبال آسیا را هم بر عده بگیرد با چنین موجی مواجه شد و او در پاسخ گفت: «من از شما یک سوال دارم، آیا می‌توانید این گفته خود را ثابت کنید؟» در جریان دستگیری ورزشکاران بحرینی، علا الهبیل؛ بهترین گل‌زن تاریخ بحرین هم دستگیر شد و در اعترافاتی تلوزیونی، برادر او اعلام کرد که ما خیانت‌کار هستیم. هرچند واضح بوده که هم علا، هم محمد برادرش تحت شکنجه‌های شدید بوده‌اند.  
باید دید چنین حرف‌هایی در میزان رای شیخ سلمان نقش دارد یا خیر، او در حال حاضر حمایت خوبی از کنفدراسیون‌های مختلف جذب کرده و رقیب جدی شاهزادی اردنی؛ علی بن حسین است.  
همچنین دفتر شیخ سلمان و کنفدراسیون فوتبال آسیا، به سوالات خبرنگار گاردین هیچ پاسخی ارائه نداده است. انتظار می‌رود از روز سه شنبه عیسی حیاتو به طور موقت ریاست فیفا را بر عهده بگیرد. قبل از آن در روز دوشنبه، شیخ سلمان در نشست خبری حاضر می‌شود و می توان این ابهامات را از او پرسید.