به گزارش نماینده، سایت آیت‌الله هاشمی رفسنجانی رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام، در پی رای اعتماد مجلس به فرهادی وزیر پیشنهادی علوم دولت یازدهم، به بازنشر خاطرات هاشمی رفسنجانی در مقایسه فرهادی با معین وزیر علوم دولت اصلاحات پرداخت.
در گزیده سخنان هاشمی رفسنجانی در سال ۱۳۶۸ آمده است:
انتخاب آقای دکتر معین به‌عنوان وزیر فرهنگ و آموزش عالی، به‌این دلیل نبود که ما از آقای دکتر فرهادی ناراضی بودیم. من از اول آقای دکتر فرهادی را یک وزیر موفق می‌دانستم. ایشان همیشه کار می‌کردند و من هم به‌ایشان علاقمند هستم و بعداً هم از ایشان استفاده خواهم کرد اما دو سه نکته بوده است که ما به‌آقای دکتر معین رسیدیم. یکی نیازی است که ما الان به‌جذب چهره‌های علمی در دانشگاه‌ها داریم. در این مرحله، ما فکر می‌کنیم آقای دکتر معین بتواند در این قسمت موفق‌تر باشند. من فکر می‌کنم بین آقای دکتر فرهادی و دکتر معین زیاد تفاوتی وجود نداشته باشد. ضمن این که قاعدتاً دوستان آقای دکتر فرهادی با دکتر معین هم کار خواهند کرد.